变性手术是由一系列手术组合而成，涉及范围比较广，手术时间比较长、患者出血量比较多、创伤比较大，需要良好的设备条件和精湛的技术。其中女变男又比男变女复杂很多。
要理解这个手术，我们首先要搞清楚男女之别。
男性和女性的染色体不一样，男人是46XY，女人是46XX，因为染色体存在于我们身体的每一个细胞里，无法对其进行改变，因此，变性后患者的染色体还是原先性别的染色体，从这一点讲，变性并非彻头彻尾的“性别重置”。
男性和女性的内分泌激素不一样，男人分泌的是雄激素，女人分泌的是雌激素。做变性手术时，我们通常要把产生性激素的内生殖器官摘除，但目前为止并没有办法再造内分泌器官，只能靠术后长期服用变性后性别的性激素。但长期服用性激素有一定的副作用，因此，多数患者并不能坚持长期服用。
卵巢是女性重要的内生殖器官，过去做女变男的变性手术时我们会把卵巢切除，但切除卵巢后患者身体会出现更年期样的变化，因此，这些年，有些患者选择了保留卵巢，手术后的内分泌变化会轻很多。
女性还有一个内生殖器官是子宫，通常我们做变性手术时会摘除子宫，但摘除子宫和卵巢要做开腹手术，创伤比较大，也有患者选择用放射的方法破坏卵巢功能，没有卵巢之后，也就不来月经了，子宫也就可以不摘除了。但保留子宫者必须保留阴道，因为宫颈会分泌少量分泌物，需要有通道排出。
对于阴道是否切除一直存在争议，部分医生主张阴道全切，也有一部分医生觉得阴道切除有可能损伤直肠和尿道膀胱，且手术出血比较多，因此保留阴道不切除，只是缩小阴道口，留一个很小的洞，以便有分泌物流出。
女变男者还需要切除乳房，这是一个有难度的手术，因为在祛除乳腺的同时要保留乳头乳晕（同时要缩小），并使胸部变平整。
把不需要的组织器官或者切除，或者破坏（放射），或者旷置（如子宫和阴道），手术到这里只进行了一小半，再造男性生殖器才是手术的难点。
再造的阴茎除外观要逼真之外，还要满足站着排尿和过性生活的功能，再造的阴茎需要是个管道（才能站立排尿），同时要有硬度（才能过性生活），所以，再造的阴茎内部是空的（一般要求内径至少半厘米），内部要有支撑物（人工材料或者自体肋软骨）。再造的阴茎不仅是一个肉棒，其前端还要有龟头和冠状沟，结构和外形复杂的阴茎再造起来难度相当大，能做好的大夫数量有限。至于具体方法我们今后再仔细介绍。
除了外生殖器重塑之外，许多患者还要求进行面容修整，使其外貌更具男性化特征，通过隆鼻、隆颏、隆颧骨等手术可以让面容变得棱角分明。通过毛发移植再造胡须和鬓角、胸毛等也可以让患者更有男人味道。